知网查重脚注算重复的原理主要是通过分析文献中的脚注内容，对比不同文献之间的脚注信息，判断是否存在相似或重复的部分。脚注通常包含了引用的来源、作者、出版时间等信息，利用这些信息进行比对可以有效识别文献中的重复内容。

在进行知网查重时，系统会自动提取文献中的脚注信息，并与已有的文献数据库进行比对。如果发现两篇文献的脚注信息高度相似或完全一致，系统会判断这两篇文献存在重复内容。这种基于脚注信息的查重方法可以帮助学术界杜绝抄袭行为，保障学术诚信。